Berlatar tahun 1896, Tjoet Nja’ Dhien adalah sebuah merayakan salah satu pahlawan besar Indonesia yang memperjuangkan kemerdekaan dari Belanda. Masyarakat Muslim yang saleh di Aceh, kota yang telah berkembang sejak zaman dahulu sebagai pelabuhan perdagangan, terlibat dalam perang sengit dengan Belanda tergambar di sini. Tjoet Nja’ Dhien (Christine Hakim), janda seorang pemimpin pemberontak yang beroperasi di Aceh di Sumatra. Ia mengambil alih kepemimpinan ketika suaminya Teuku Umar (Slamet Rahardjo) terbunuh dalam sebuah penyergapan. Kehadiran Dhien yang karismatik dan kekuatan bertahan hidupnya memotivasi penduduk setempat untuk bergabung dan kemudian melanjutkan perlawanan mereka terhadap Belanda. Meskipun ada masalah pribadi, dia tetap berada di tengah perjuangan selama sepuluh tahun.